Se presume que en el año 1502 Cristóbal Colón repostó en el archipiélago y a través del tiempo estas islas han servido de refugio de piratas como el caso de Charles Swan (de quién se deriva el nombre de la isla), plantaciones de la United Fruit Company y puesto de cuarentena de ganado bovino del servicio de ganadería de EU, y durante la guerra fría sirvió de estación de radio clandestina de la CIA.
Hasta el año de 1971 fueron utilizadas por el Servicio de Meteorología de Estados Unidos con el fin de pronosticar la presencia de huracanes en la región de Centroamérica y el Golfo de México.
Luego fueron utilizadas por la Fuerza Aérea para apoyar en la navegación con señales por medio de ondas radiales, las cuales fueron desinstaladas una vez que el Gobierno estadounidense se retiró de la zona en 1971. En 1972 se realizó la transferencia de estas islas al Gobierno de Honduras, bajo el entendimiento que siguiera bajo funcionamiento la estación meteorológica.
Mediante Decreto No. 131 del 20 de enero de 1982, Islas del Cisne fue declarada parte del territorio hondureño, y se ha mantenido bajo custodia de la Fuerza Naval de Honduras, con el propósito de garantizar la soberanía y seguridad nacional en esta región del país, siendo la única presencia humana existente en la actualidad.
Mediante Acuerdo Presidencial No. 3056-91, se declaró el archipiélago de Islas del Cisne como un área protegida, otorgándole la categoría de “Parque Nacional Marino: Abogado Agustín Córdova Rodríguez”, considerando su sensibilidad ambiental, así como sus valores biológicos y ecológicos particulares
El acuerdo presidencial 3056-91 de Islas del Cisne establece claramente que no se permiten otras actividades que no sean con fines científicos y educativos. Queda totalmente prohibido el uso de la tierra para fines agrícolas y ganaderos, la caza, la pesca, la extracción de cualquier producto o subproducto de la flora y la fauna, el subsuelo y los arrecifes coralinos. En el año 2002, el SINAPH propuso, que la categoría de manejo más acertada para el área es la de Reserva Marina.
De todas las intervenciones quedaron además de la estación, una pista de aterrizaje de 1,151.5 m. (3,800 pies) de largo y varias edificaciones ubicadas en la zona centro de la isla Grande, las cuales abarcan aproximadamente el 20% del área total de la isla y fueron gravemente afectadas con el paso del huracán Mitch en 1998.
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